Die Pfarrkirche St. Nikolaus wurde 1730/31 an der Stelle einer spätgotischen Vorgängerkirche errichtet. Schon im 12. Jahrhundert besaß die Kirche in Pfersee ein Benefizium in „Perga“ (entspricht: „Bergen“ = „Stadtbergen“). Die unteren Geschosse des Turmes weisen allerdings erst in das späte 14. Jahrhundert, an diese schmiegte sich eine spätgotische Vorgängerin der heutigen Kirche an. Aufschluss darüber geben die spätmittelalterlichen Strebepfeiler des heutigen Chores sowie der an Mauerresten erkennbare Grundriss einer früheren kleineren Kirche.
Erstmals wird Jodok Seidler 1497 als Pfarrer für Bergen erwähnt, der von Pfersee aus die sich bildende Gemeinde betreute. Von Bedeutung für das pfarrliche Leben war die Gründung der Sebastiansbruderschaft im Jahr 1640, die sich 1679 an den Kosten für zwei neue Altarblätter beteiligte. Pfarrer Ignaz Eschenlohr, der von 1695 bis 1746 die Pfarrei Pfersee innehatte, ließ einen Neubau der Kirche in Bergen errichten, da die alte Dorfkirche zu klein geworden war. Die Kirche sollte auf den alten Mauern neu aufgebaut und das Langhaus erweitert werden. 1730 erfolgte die Grundsteinlegung und 1731 wurde das Gotteshaus von Weihbischof Jakob Mayr von Augsburg geweiht. Namhafte Künstler wie Johann Georg Bergmüller, Friedrich Butziger, Johann Georg Wolcker und Joseph Albrecht gestalteten das Innere der Kirche zu einem kleinen barocken Juwel.
1746 wurde der erste eigenständige Pfarrer Anton Lutz von Friedberg (1746 - 1757) in Bergen installiert, 1747 der neue Pfarrhof errichtet. Mit dem Amtsantritt des Pfarrers Johann Benedikt Bergmann von Ottobeuren 1757(- 1794) erfolgte die vollkommene Trennung der Pfarrei Bergen von Pfersee. Während zu Beginn des 19. Jahrhunderts die Pfarrei St. Nikolaus 633 Seelen zählte, waren es 1906 bereits 1010 Katholiken, so dass Pfarrer Maximilian Wagner (1904-1914) 1905/06 das Gotteshaus um 7,5 m nach Westen verlängern ließ. Pfarrer Winfried Bucher (1961 - 1995) veranlasste 1962/63 einen Pfarrhof-Neubau.
Der Innenraum der Pfarrkirche St. Nikolaus stellt sich als einschiffiges Langhaus mit einem eingezogenen Chor dar. Der kräftige Farbklang des Gesamtraumes ist vor allem geprägt durch die Deckengemälde der Künstler Bergmüller und Albrecht. Das Hochaltarbild wurde von Butziger als Kopie der „Heiligen Nacht“ von Antonio da Corregio 1848 geschaffen, ebenso das rechte Seitenaltarbild, das das Martyrium des hl. Sebastian zeigt. Das linke Seitenaltarbild, die Verehrung Mariens, schuf Johann Georg Wolcker, ein Schüler Bergmüllers.
Die Kirche, die auf einer Anhöhe steht, ist Mittelpunkt und Wahrzeichen der Gemeinde, sie findet sich auch im Wappen der Stadt Stadtbergen. In ihr fühlen sich die Menschen geborgen und im Gebet mit Gott vereint.